Стажировки наших сотрудников

2014

Климук Евгений
Прошел стажировку с 23.05.2014 по 20.10.2014 в York Structural Biology Laboratory под руководством Professor Fred Antson. Во время командировки Евгений выполнял проект по изучению механизма упаковки ДНК у бактериофагов, инфицирующих термофильных бактерий. В результате работы удалось разрешить 3D-структуру малой субъединицы терминазы бактериофага G18. Евгений освоил современные методы кристаллизации белков, научился работать на современном высокотехнологичном оборудовании, а также научился обрабатывать рентгеноструктурные данные.



Строцкая Александра
c 28 февраля по 30 сентября 2014 года проходила стажировку в лаборатории К.В. Северинова, в институте микробиологии Ваксмана Ратгерского университета (США, Нью-Джерси). Тема проекта была посвящена изучению механизма адаптации клеток с активной CRISPR/Cas-системой при взаимодействии их с вирусами и плазмидами. В ходе работы были получены следующие результаты: 1) был успешно апробирован метод быстрого получения новых спейсеров на примере библиотеки генома Т5 бактериофага. 2) полученные данным методом штаммы использовались для создания первой экспериемнтальной системы CRISPR интерференции и адаптации против литического фага.



Савицкая Екатерина.
проводила исследования в Университете Аликанте (Испания), департамент физиологии, генетики и микробиологии в лаб. проф. F. Mojica в рамках совместного проекта «Изучение CRISPR/Cas адаптации у E.coli в период с 22.04.14 по 30.06.14
В результате были получены и протестированы в модельной системе плазмиды, позволяющие детектировать события праймированной CRISPR адаптации in vivo.



Гиляров Дмитрий
Прошел стажировку с 13.01.2014 по 09.07.2014 в лаборатории Prof. Anthony Maxwell, John Innes Centre (Norwich, UK)
выполняя проект по изучению механизма действия ингибитора ДНК-гиразы микроцина B. В результате работы впервые удалось получить и проанализировать продукты химической пришивки микроцина B к гиразе. Дмитрий познакомился с современными методами кристаллизации белков, плазмонного резонанса, аналитического ультрацентрифугирования, малоуглового рассеяния (SAXS), анизотропии флуоресценции.



Воронцова Дарья
С 19 января по 27 июня проходила стажировку в лаборатории К.В. Северинова, институт микробиологии Ваксмана Ратгерского университета (США, Нью-Джерси). Изучала процесс адаптации в CRISPR-Cas системе типа I-F.

Результаты:
1. Получены две функционально активные экспериментальные модели:
1)гетерологическая система на основе клеток E. coli для изучения I-F CRISPR-Cas системы бактерийPseudomonas aeruginosa
2) модель на основе нативного штамма E. coli, имеющего собственную CRISPR-Cas систему I-F типа
2. в гетерологических клетках, имеющих I-F CRISPR-Cas систему, происходило эффективное уничтожение плазмиды, содержащей протоспейсер, нуклеотидная последовательность которого по всем положениям соответствует последовательности одного из спейсеров в CRISPR-кассете данных клеток (то есть наблюдалась интерференция).
3.Наблюдалось активное приобретение новых спейсеров в CRISPR-кассете Pseudomonas aeruginosa (т.е. наблюдалась адаптация). Для адаптации были необходимы как белки Сas1, Сas2-3, так и Csy-комплекс. Высокоэффективное секвенирование новых спейсеров, приобретенных из протоспейсерсодержащих плазмид, показало строгое предпочтение 5'-GG мотива в качестве "ПАМа", а также строгое предпочтение цепи при выборе новых спейсеров.Все эти факты являются маркерами праймированной адаптации (т.е. адаптации, вызванной наличием нуклеотидной последовательности, схожей с последовательностью спейсера в CRISPR-кассете), описанной для CRISPR-Cas системы типа I-E.
В клетках E. coli, имеющих собственную CRISPR-Cas систему I-F типа, адаптация наблюдалась только в присутствии плазмиды, имеющей протоспейсер, по всем положениям соответствующий спейсеру CRISPR-кассеты, что также свидетельствует в пользу гипотезы о праймированности адаптации.



Метелев Михаил
с 5 января 2014 года по 2 июля 2014 года проходил стажировку в лаборатории Дугласа Митчелла Института геномной биологии университета Иллинойса в Урбана-Шампейн, выполняя проект по поиску новых природных рибосомально-синтезируемых пептидных антибиотиков. В ходе работы был выявлен новый антибактериальный пептид, активный в отношении ряда грамм-положительных бактерий. За время стажировки Михаилом были освоены современные методы, включая масс-спектрометрию высокого разрешения FT-ICR, ЯМР и биоинформатические методы.



Мушарова Oльга
с 06.01.2014 по 01.07.2014 прошла стажировку на базе Вагенингенского университета.
Работа по теме «Изучение механизма защиты от автопрайминга crispr-cas системы прокариот» осуществлялась в Лаборатории Микробиологии под руководством С. Броунса.
В ходе работы были достигнуты следующие результаты:
Установлена минимальная нуклеотидная последовательность внутри CRISPR-повтора, необходимая для защиты от автопрайминга.
Также был освоен ряд биохимических методов: EMSA-анализ, наработка и очистка бактериального комплекса Cascade и т.д.



2013
Якунина Мария
с 22.09.2013 по 11.12.2013 прошла стажировку в лаборатории Константина Викторовича Северинова в Институте Микробиологии Ваксмана, Ратгерс, Университет штата Нью Джерси. В течение данной стажировке Мария приобрела практические навыки в очистке белков и их биохимическому анализу в бактериальной системе транскрипции in vitro в рамках работы над проектом, посвященному изучению регуляции транскрипции бактериофага phiKZ. Часть из полученных Марией результатов вошла в статью Ceyssens et al. 2014 .

Тезисы Марии Якуниной "UNUSUAL MULTISUBUNIT RNA POLYMERASES ENCODED BY THE PHIKZ PHAGE" были выбраны организационным комитетов конференции "Total transcription - 2014" для представления в качестве устного доклада. Конференция будет проходить 1-5 сентября в Камбридже, Англия. Участие Марии в данной конференции поддержано стипендией Биохимического Общества (Biochemical Society).